Majelis Wali Amanat adalah organ Universitas yang mewakili kepentingan Pemerintah, Masyarakat dan Universitas. Unsur-unsur Majelis Wali Amanat adalah:
- Menteri Pendidikan Nasional
- SenatAkademik
- Rektor
- Masyarakat Universitas
- Masyarakat Umum
Pimpinan Majelis WaliAmanat:
Ketua : Prof. Dr. Amin Rais, MA.
Sekretaris : Dr. Ir. Ali Wibowo, M.Sc.
Anggota :
- Prof. Dr. Bambang Sudibyo, MBA
- Prof.Ir. Sudjarwadi, M.Eng., Ph.D.
- Sri Sultan Hamengku Buwono X
- Prof. Drs. H. A. Malik Fadjar, M.Sc.
- Prof. Dr. Lilik Hendrajaya, M.Sc. Ph.D.
- Dr. Bambang Kesowo, S.H., LLM.
- Dra. Siti Chalimah Fadjrijah, M.M.
- Drs. H.M. Aksa Mahmud, MBA
- Drh. Taufiq Ismail
- Prof. Dr. Bambang Suhendro
- Ir. Airlangga Hartarto, MMT., MBA.
- Dr. (HC) Djoko Kirmanto, Dipl. HE.
- Prof. Dr. Timbul Haryono, M.Sc.
- Prof. Dr. Zaki Baridwan, M.Sc.
- Prof. Dr. Djamaludin Ancok
- Dr. Ir. Didik Purwadi, M.Ec.
- Dr. Sudibyakto, M.S.
- Dr. Ir. Eko Nugroho, M.Si.
- Drs. Supriyanto
- Drs. M. Ridhah Taqwa, M.Si.