Program Magister Fisika di Universitas Gadjah Mada secara resmi didirikan pada tahun 1993. Sejak didirikan hingga sekarang Program Magister Fisika UGM selalu menerima akreditasi dari Badan Akreditasi Nasional Pendidikan Tinggi Indonesia. Program ini adalah salah satu dari beberapa program Master Fisika pertama di Indonesia. Program Magister Fisika UGM menawarkan pendidikan tingkat Master di bidang Fisika dengan banyak pilihan spesialisasi. Mempelajari hal-hal terkecil dan paling mendasar seperti studi Fisika Partikel, objek makro seperti Fisika Bumi, hingga yang sangat besar seperti Kosmologi.
Saat ini Program Magister Fisika UGM memiliki 37 dosen berkualifikasi yang merupakan lulusan Doktor dari universitas terkenal, dengan keahlian di berbagai bidang Fisika, dikelompokkan dalam empat kelompok keahlian: Fisika Teoritis dan Komputasi, Fisika Material Fungsional, Fisika Terapan, dan Geosains.
Dalam rangka meningkatkan kualitas pendidikan, Program Magister Fisika UGM menawarkan siswa kesempatan untuk mengambil bagian dalam program Gelar Ganda. Program Gelar Ganda saat ini sedang berlangsung adalah dengan Departemen Kedokteran dan Ilmu Komputasi, Universitas Kanazawa. Tahun ini program Dual Degree juga akan dimulai dengan Departemen Fisika, Universitas Pusat Nasional, Taiwan, dan dengan Departemen Fisika Terapan di Universitas Tunghai, Taiwan. Selain program Dual Degree, siswa juga mendapatkan berbagai peluang untuk melakukan program Pertukaran Mahasiswa atau program Kursus Singkat di beberapa Universitas Asing, termasuk di Jepang, Taiwan, dan Prancis.
Sebagian besar lulusan memiliki karir di bidang akademik sebagai dosen di universitas negeri dan swasta, atau menjadi guru di pendidikan menengah, sementara yang lain menjadi peneliti di berbagai lembaga penelitian milik pemerintah atau menjadi ahli di lembaga pemerintah atau perusahaan swasta nasional. Beberapa dari mereka menjadi wirausaha berdasarkan sains-teknologi.
