Program Doktor merupakan jenjang pendidikan formal tertinggi di perguruan tinggi. Walaupun demikian, tidak semua universitas di Indonesia dapat melaksanakan Program Doktor. Universitas Gadjah Mada merupakan salah satu universitas yang melaksanakan pendidikan formal tertinggi ini. Program Doktor yang kini dikembangkan di Fakultas Kedokteran, Kesehatan Masyarakat dan Keperawatan UGM adalah pendidikan strata 3 dalam bentuk terstruktur dan termonitor yang memungkinkan peserta didik untuk dapat menyelesaikan pendidikan dengan tepat waktu. Program ini diasuh oleh staf pengajar dengan reputasi akademik dan penelitian dalam skala nasional dan internasional, dan ditunjang oleh fasilitas pendidikan (ruang kuliah, ruang belajar, laboratorium, perpustakaan, sarana multimedia dan internet) yang lengkap dan memadai.
Program Studi Doktor Ilmu Kedokteran dan Kesehatan FK-KMK UGM mempunyai keunggulan dalam beberapa aspek yaitu 1. Adanya kurikulum dengan perkuliahan yang terstruktur sehingga mahasiswa mempunyai target atau timeline studi yang jelas. 2. Pembimbingan yang intensif sejak dari awal studi oleh tim pembimbing yang kompeten di bidangnya. 3. Sistem monitoring dan evaluasi studi yang dilaksanakan teratur untuk memantau perkembangan studi setiap mahasiswa. 4. Topik-topik penelitian disertasi yang dilakukan oleh mahasiswa bersifat translasional dan berkualitas sehingga dapat dipublikasikan di jurnal intransional bereputasi 5. Adanya program Joint Supervision dan Double Degree dengan institusi terkemuka di luar negeri
Sebagian besar lulusan Program Doktor Ilmu Kedokteran dan Kesehatan FK-KMK UGM telah sukses bekerja dalam karirnya sebagai dosen di berbagai Perguruan Tinggi di Indonesia baik sebagai dosen maupun sebagai pejabat struktural di fakultas atau universitas. Sebagian yang lain menduduki jabatan pemerintahan seperti di Dinas Kesehatan, BPOM dan Dewan Pengawas BPJS. Karir yang lain adalah sebagai klinisi yang sukses dalam bidang pelayanan kesehatan baik rumah sakit pemerintah maupun swasta dan sebagai peneliti di lembaga-lembaga penelitian seperti LIPI dan BP GAKY. Lulusan Program Doktor pada umumnya kembali bekerja ke instansi tempat kerja masing-masing.
