Program Studi S3 Ilmu Kedokteran Gigi FKG UGM adalah program pendidikan di Fakultas Kedokteran Gigi UGM untuk meraih jenjang strata 3 atau doktor di bidang ilmu kedokteran gigi. Ijin operasional prodi sejak tahun akademik 2007/2008 dengan nomor 153/DIKTI/Kep/2007 dan sudah terakreditas A (SK Nomor 0019/LAM.PTKES/Akr/dok/I/2018 – 23 Januari 2018).

Prodi S3 melaksanakan pendidikan dengan berorientasi pada capaian pembelajaran (outcome based education / OBE). Hal tersebut sesuai arahan Rektor UGM melalui Pusat inovasi Kajian Akademik (PIKA) UGM, bahwa OBE harus dilaksanakan di semua prodi yang ada di UGM. Melalui pendekatan sistem pendidikan dan pembelajaran yang berfokus pada hasil capaian dari sebuah proses pembelajaran, kurikulum menjadi lebih terarah dan lulusan yang dihasilkan juga sesuai dengan kebutuhan masyarakat.

Sesuai dengan visi, misi dan tujuan UGM dalam melaksanakan Tri Dharma Perguruan Tinggi telah disusun kebijakan umum dan Rencana Induk Kampus UGM tahun 2012-2037. Untuk bidang pendidikan, disebutkan bahwa pada tahap pendalaman tahun 2017-2022 pendidikan pascasarjana harus menjadi tulang punggung pengembangan ilmu. Sebagai salah satu implementasi dari kebijakan tersebut, Program Studi S3 mengedepankan riset sebagai ujung tombak pengembang ilmu kedokteran gigi.