Pada 1950, kegiatan pendidikan kedokteran UGM terpusat di Kadipaten Ngasem (Mangkubumen), dimulailah kegiatan Bedah oleh Prof. dr. Moch. Salim dengan 2 orang peserta didik yaitu dr. RH. Sentral & dr. Soewito. Pada tahun 1955 dibuka bangsal perawatan di Mangkubumen bersama bagian Obstetri dan Gynekologi. Pada tahun 1959 Bagian Bedah pindah ke RS Pudyo Waluyo di Mangkuwilayan, lalu tahun 1982 bagian Bedah bergabung menjadi satu dengan bagian-bagian lain di RSUP Dr. Sardjito.
Ilmu Bedah salah satu program studi yang sampai saat ini telah meluluskan alumni yang telah tersebar di seluruh Indonesia. Menjadi pusat pendidikan dokter spesialis bedah nasional berstandar internasional yang inovatif dan unggul, serta mengabdi kepada kepentingan bangsa dan kemanusiaan dengan dukungan sumber daya manusia yang professional.
Salah satu keunggulan PPDS Bedah UGM yang merupakan program studi berbasis penelitian bekerja sama dengan FK Hewan UGM dalam melakukan kegiatan animal lab. Selain itu, untuk meningkatkan sarana dan prasarana PPDS Bedah FK UGM juga memiliki ruangan mini skills lab untuk belajar teknik laparaskopi dan menjahit di ruangan mini skills lab. Untuk menemukan dan mengembangkan inovasi terbaru, di dalam negeri PPDS Bedah FK UGM bekerja sama dengan FK di Universitas Cendrawasih dan RSUD di Papua Jayapura untuk pengembangan program studi, untuk institusi di luar negeri salah satunya dengan National Taiwan University dan Chulalangkorn University dalam pelatihan minimal invasive surgery.
Era persaingan global dengan segala perubahannya yang dinamis turut memberikan perubahan besar bagi sektor tenaga kerja, pemberdayaan sumber daya manusia, dan khususnya peluang bekerja bagi tenaga kesehatan. Hal ini juga secara tidak langsung menuntut tenaga kesehatan di Indonesia untuk berpikir out of the box, pandai mengambil peluang, dan memperluas jaringan informasi terkait pengadaan profesi tenaga kesehatan Indonesia, baik di skala nasional maupun internasional. Bagaimanapun juga, tenaga kesehatan, salah satunya adalah profesi Dokter, dituntut untuk mampu menyesuaikan perkembangan zaman, dimana saat ini jarak bukan lagi sebuah masalah berarti. Banyak rumah sakit di Indonesia kekurangan tenaga dokter spesialis. Hal ini membuka paradigma dan mendorong para Dokter untuk tidak hanya sekedar bekerja di puskesmas atau praktek biasa. Salah satu pilihannya adalah dengan menjadi Dokter Spesialis Bedah Umum. Selama menempuh masa pendidikan, dalam perjalanannya seorang Dokter Bedah Umum tidak hanya mempelajari skill baru dan mendalami teori tentang bedah saja. Lulusan dari prodi ilmu bedah juga mendapatkan pembelajaran dan dituntut dalam pembuatan karya tulis yang baik, sehingga terbiasa dalam melakukan penelitian. Sehingga Setelah lulus pendidikan, lulusan dapat memilih untuk bekerja di rumah sakit pemerintah atau swasta, menjadi tenaga pengajar di fakultas ataupun peneliti.
