Program Pendidikan Dokter Spesialis Ilmu Kesehatan Anak (PPDS IKA) FK-KMK UGM telah dimulai sejak tahun 1980 dan sampai tahun 2019 telah menghasilkan lulusan sebanyak 499 orang. Jumlah staf pengajar 52 orang, yang sebagian besar berkualifikasi konsultan atau S3. Sejak tahun 2001 PPDS IKA menyelenggarakan program combined degree dengan S2 Ilmu Kedokteran Klinis FK-KMK (MS-PPDS) dengan lama pendidikan 8 semester. Program MS-PPDS ini bertujuan untuk menghasilkan lulusan yang tidak hanya mempunyai kompetensi profesional peringkat dokter spesialis anak tetapi juga mempunyai kompetensi akademik magister di bidang IKA. Diharapkan para lulusan tersebut mampu memberikan pelayanan kesehatan anak dan menjadi agen perubahan yang baik di lingkungan tempat bekerja.
Lulusan program MS-PPDS IKA akan mendapatkan 2 gelar, yaitu SpA (Spesialis Anak) dan MSc (Master of science), yang mempunyai kompetensi profesional sebagai dokter spesialis anak dan kompetensi akademik sebagai magister di bidang IKA
Selain bekerja sebagai dokter spesialis anak di seluruh fasilitas pelayanan kesehatan di Indonesia, lulusan MS-PPDS IKA juga dapat bekerja sebagai akademisi (dosen), peneliti atau berkarir di bidang birokrasi.
