Program Studi (Prodi) Magister Ilmu Kedokteran Klinis (IKK) FK-KMK UGM telah lebih dari dua dasawarsa menyiapkan sumber daya unggul melalui implementasi kurikulum berbasis-bukti yang efisien dan terintegrasi di bidang pendidikan, penelitian dan pengabdian masyarakat. Prodi Magister IKK menghasilkan para lulusan dengan kompetensi klinis berdaya saing tinggi sesuai dengan peminatannya. Karakter lulusan yang profesional dan humanis menjadi perhatian penting bagi Prodi melalui pencanangan kuliah Etika Profesi dan Filsafat Ilmu di samping mata kuliah kompetensi peminatan. Enterpreneurship di bidang kesehatan diperkenalkan pula oleh alumni yang telah sukses melalui sesi kuliah umum, professional carrier coaching, dan self-generated symposia yang rutin diselenggarakan oleh Prodi.
Prodi Magister IKK lebih diperuntukkan pada mereka yang akan mengikuti program PPDS-1, epidemiolog, dokter spesialis, dokter keluarga dan anggota komite medik serta kebijakan di rumah sakit. Secara umum, sasaran Prodi adalah bagi yang telah menyelesaikan program pendidikan S1 dalam bidang kedokteran dan kesehatan. Pembekalan materi manajemen klinis berbasis bukti, skill presentasi, public speaking, structured critical thinking, clinical decision making, health technology assessment skill serta terintegrasinya materi genetics dan biomolecular approach in solving clinical problems di dalam kurikulum Prodi Magister IKK memberikan bekal tambahan yang terbukti membantu para lulusan dalam mengembangkan inovasi dalam manajemen kasus, pasien, maupun pekerjaan organisasi dalam karirnya.
Para alumni merupakan dosen, peneliti, wirausahawan, pimpinan rumah sakit, manajer pada industri di bidang kesehatan, serta perawat, dokter, dokter spesialis yang mumpuni dan unggul. Terbukti mereka berhasil menapaki karir dan menjadi leader di bidangnya masing-masing, baik di skala regional maupun nasional. Beberapa di antara alumni berhasil mengembangkan karir menjadi kepala daerah. Prospek karir : 1. Dokter 2. Dokter Spesialis 3. Dosen 4. Perawat 5. Peneliti 6. Wirausaha/Pengusaha 7. Kepala/Pimpinan/manajer Rumah Sakit 8. Bekerja di Perusahaan Kesehatan 9. Manajerial pada Industri di Bidang Kesehatan dan manajer penelitian
