Prodi Magister Ilmu Kedokteran Tropis FK KMK UGM merupakan prodi magister di bidang penyakit tropis yang pertama kali didirikan di Indonesia. Saat ini telah terakreditasi A dengan 3 konsentrasi yaitu: 1. Penyakit Infeksi Tropis 2. Imunologi dan Biologi Molekuler Penyakit Tropis 3. Entomologi Kesehatan Staf pengajar pada Prodi Magister Ilmu Kedokteran Tropis terdiri dari dosen yang berkompeten dan berpengalaman di bidangnya berasal dari Fakultas Kedokteran Kesehatan Masyarakat dan Keperawatan UGM maupun dosen di luar FKKMK atau dosen tamu dari institusi di luar negeri. Prodi Magister Ilmu Kedokteran Tropis berkomitmen untuk menghasilkan lulusan S2 yang memiliki pengetahuan dan kompetensi dalam bidang penyakit tropis dan infeksi dan menghasilkan program pengabdian masyarakat yang merupakan penerapan penelitian ilmu pengetahuan dan teknologi kedokteran yang berkaitan dengan penyakit tropis dan infeksi untuk menyelesaikan masalah kesehatan masyarakat.
Alumni Magister Ilmu Kedokteran Tropis telah tersebar di berbagai institusi di Indonesia, beberapa bekerja sebagai dosen di berbagai Fakultas Kedokteran/Kesehatan, sebagian lainnya berkarir sebagai peneliti di Litbang, staf pada Dinas Kesehatan Kabupaten/Propinsi, kantor Kesehatan pelabuhan maupun melanjutkan studi S3 maupun spesialisasi.
