PPDS Mikrobiologi Klinik FK-KMK UGM didirikan berdasarkan SK Rektor UGM no 49/P/SK/HT/2010 tanggal 1 Februari 2010. PPDS ini diakui oleh Konsil Kedokteran Indonesia dengan SK no KD.02.01.01/KKI/II/0348/2011 tanggal 28 Februari 2011 dan mulai menerima mahasiswa pada semester ganjil TA 2010/2011. Pada tanggal 29 Juli 2017, prodi ini terakreditasi A (sangat baik) berdasarkan SK no 0415/LAM-PTKes/Akr/Spe/VII/2017. Visi program studi adalah menjadi Pusat Pendidikan Dokter Spesialis Mikrobiologi Klinik yang bermutu serta menjunjung tinggi nilai profesionalisme sesuai dengan kemajuan ilmu pengetahuan dan teknologi kedokteran, yang mandiri sehingga mampu menghasilkan akademisi dan profesional bertaraf internasional serta berbudi luhur pada tahun 2025.
PPDS Mikrobiologi Klinik FK-KMK UGM diampu oleh para pengajar yang ahli di bidangnya dan berpengalaman dalam melakukan pendidikan, penelitian dan pengabdian. Prodi ini juga mendapatkan dukungan besar dari bidang klinik lain yang terkait dengan kasus-kasus infeksi (Konsultan Penyakit Tropik dan Infeksi, Spesialis anak konsultan infeksi dan lain). Prodi ini memanfaatkan beberapa Rumah Sakit Pendidikan sebagai wahana, dengan demikian memberikan kesempatan yang luas kepada peserta didik untuk mendapatkan pengalaman yang banyak dan beragam. PPDS Mikrobiologi Klinik FK-KMK UGM mempunyai banyak mitra riset dan kerjasama baik di tingkat nasional maupun internasional, yang dapat dimanfaatkan anak didik meningkatkan pengetahuan dan ketrampilan.
Penyakit infeksi dan masalah resistensi kuman terhadap antimikroba masih menjadi masalah besar dalam bidang kedokteran dan semakin mendapatkan banyak perhatian dari para pemangku kepentingan (WHO, Kemenkes,dll). Karena itu, lulusan program studi ini bisa bekerja di rumah sakit swasta maupun pemerintah, serta di berbagai laboratorium diagnostic kesehatan. Pengetahuan tentang agen infeksi harus terus dikembangkan, terutama dengan adanya berbagai penyakit emerging dan re-emerging disease. Sebagian lulusan program studi ini bisa bekerja sebagai dosen di berbagai institusi pendidikan atau menjadi peneliti di berbagai institusi penelitian.
