Universitas Gadjah Mada (UGM) terus berupaya melakukan upaya penjaminan mutu kegiatan akademik untuk setiap program studi (prodi). Proses penjaminan mutu internal dan eksternal dilaksanakan secara sinergis di dalam wahana Sistem Penjaminan Mutu Perguruan Tinggi (SPMPT) UGM. Penjaminan mutu eksternal dilakukan melalui Akreditasi Program Studi oleh Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT), yang sebagian besar memperoleh nilai A, dan Akreditasi Institusi, yang secara menyeluruh juga mendapat nilai A.
Tidak cukup hanya itu, penjaminan mutu juga dilakukan antar perguruan tinggi di regional ASEAN melalui ASEAN University Network (AUN). UGM bersama dengan UI dan ITB merupakan anggota aktif ASEAN University Network on Quality Assurance (AUN-QA) yang sedang mempersiapkan AUN-Quality-Label untuk Penjaminan Mutu Internal (Internal Quality Assurance, IQA), Institutional Assessment, dan Program Assessment.