Direktorat

• Direktorat Pendidikan dan Pengajaran
• Direktorat Keuangan
• Direktorat Sumber Daya Manusia
• Direktorat Aset
• Direktorat Perencanaan
• Direktorat Kemahasiswaan
• Direktorat Kemitraan dan Alumni
• Direktorat Sistem dan Sumber Daya Informasi
• Direktorat Pengembangan Usaha dan Inkubasi
• Direktorat Penelitian
• Direktorat Pengabdian Kepada Masyarakat

Fakultas

• Fakultas Biologi
• Fakultas Ekonomika dan Bisnis
• Fakultas Farmasi
• Fakultas Filsafat
• Fakultas Geografi
• Fakultas Hukum
• Fakultas Ilmu Budaya
• Fakultas Kedokteran, Kesehatan Masyarakat, dan Keperawatan
• Fakultas Kedokteran Gigi
• Fakultas Kedokteran Hewan
• Fakultas Kehutanan
• Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam
• Fakultas Pertanian
• Fakultas Peternakan
• Fakultas Psikologi
• Fakultas Teknik
• Fakultas Teknologi Pertanian
• Sekolah Pascasarjana
• Sekolah Vokasi
• Fakultas Ilmu Sosial dan Politik

Pembelajaran Online

• ELISA
• Electronik Jurnal
• ETD
• Jurnal UGM
• Elok UGM

Pusat Studi

• PS Kependudukan dan Kebijakan
• Pusat Studi Pedesaan dan Kawasan
• Pusat Studi Transportasi dan Logistik
• Pusat Studi Keamanan dan Perdamaian
• Pusat Studi Bencana
• Pusat Studi Pariwisata
• Pusat Studi Pangan dan Gizi
• Pusat Studi Sosial Asia Tenggara
• Pusat Studi Lingkungan Hidup
• Pusat Studi Wanita
• Pusat Studi Ekonomi dan Kebijakan Publik
• PS Perencanaan & Pembangunan Regional
• Pusat Studi Bioteknologi
• Pusat Studi Ekonomi Kerakyatan
• Pusat Studi Sumberdaya & Teknologi Kelautan
• Pusat Studi Kebudayaan
• Pusat Studi Asia Pasifik
• Pusat Studi Pancasila
• Pusat Studi Energi
• Pusat Studi Perdagangan Dunia
• Pusat Studi Sumberdaya Hayati
• Pusat Studi Agroekologi dan Sumber Daya Lahan

Unit Penunjang

• Badan Penerbit dan Publikasi
• Perpustakaan Pusat
• Laboratorium Penelitian dan Pengujian Terpadu
• Pusat Inovasi Agro Teknologi
• Pusat Kebudayaan Koesnadi Hardjasoemantri
• Pusat Inovasi dan Kajian Akademik
• UGM Residence
• Kantor Jaminan Mutu
• Pusat Pengadaan dan Logistik
• Pusat Keamanan Keselamatan Kesehatan Kerja Dan Lingkungan Universitas Gadjah Mada
• Kantor Hukum dan Organisasi
• Rumah Sakit UGM
• Gadjah Mada Medical Center (GMC)
• Arsip Universitas
• Bagian Tata Usaha dan Rumah Tangga
• Gamapres