Tanggal 7 Desember 2004, Rektor melantik Wakil Dekan, Pejabat Unit Pelaksana dan Unit Penunjang Akademik Universitas Gadjah Mada di Balai Senat UGM. Adapun para pejabat baru yang dilantik: Dr. Supra Wimbarti sebagai Direktorat Pengembangan Sumber Daya Manusia; Harjadi, SH sebagai Sekretaris Direktorat Pengembangan SDM; Drs. Suratman sebagai Sekretaris Direktorat Pengelolaan Aset; Drs. Sulistyawati Hadisusilo sebagai Sekretaris Direktorat Keuangan; Sri Hidayah, S.H sebagai Kepala Arsip UGM; Dr. Sismindari dan Drs. Rusdi Akbar untuk memimpin lembaga Laboratorium Penelitian dan Pengujian Terpadu (LPPT) dan seorang penelitian senior.
Sedangkan wakil dekan yang dilantik yaitu dari Fak Biologi: Dr. R. C. Hidayat Soesilohadi, M.S, Dra. Ratna Susandarini, M.Sc, Drs. Trijoko, M.Si; Fak. Ekonomi: Dr. Muhammad Masykur Wiratmo, M.Sc, Dr. Didi Achyari, M.Com, Dra. Sari Winahjoe Siswomiharjo, M.B.A; Fak. Farmasi: Dr. Sardjiman, M.S., Apt., Dr. Sri Mulyani Mulyadi, S.U., Apt., Dr. Edy Meiyanto, M.Si., Apt.; Fak. Geografi: Dr. Mohammad Pramono Hadi, M.Sc., Drs. Sujali, M.S., Dr. Suratman, M.Sc; Fak. Hukum: M. Hawin, S.H., LLM., Ph.D, Dr. Sutanto, S.H., M.S., Harry Purwanto, S.H., M.Hum; Fak. Ilmu Budaya: Prof. Dr. Bambang Purwanto, M..A., Ph.D, Dr. Irwan, Dr. Sangidu, M.Hum; Fak. ISIPOL: Dr. Purwo Santoso, M.A, Drs. Hadriyanus Suharyanto, M.Si, Dr. Nanang Pamuji Mugasejati; Fak. Kedokteran: dr. Iwan Dwiprahasto, M.Med.Sc., Ph.D, Prof. dr. Suhardjo, S.U., Sp.M(K), Prof. dr. Sofia Mubarika Harjana, M.Med.Sc., Ph.D; Fak. Kedokteran Gigi: drg. Muhammad Masykur Rahmat, Sp.BM, drg. Sri Suparwitri, S.U., Ap.Ort., drg. Bambang Priyono, S.U.; Fak. Kedokteran Hewan: Dr. drh. Bambang Sumiarto Moecharom, S.U., M.Sc., Dr. drh. Wayan Tunas Artama; Fak.Kehutanan: Dr. Ir.Suryo Hardiwinoto, M.Agr., Dr. Ir. Nunuk Supriyatno, M.Sc., Dr. Ir. Sri Nugroho Marsoem, M.Agr; Fak. MIPA: Drs. Pekik Nurwantoro, M.S., Ph.D., Prof. Dr. Sri Wahyuni, S.U., Dr. Iip Izul Falah; Fak. Pertanian: Dr. Agr. Sri Peni Wastutiningsih, Dr. Ir. Suhatmini Hardyastuti, M.S., Dr. Ir. Tarjono, M.Sc; Fak. Peternakan: Dr. Ir. Zuprizal, DEA., Ir. Heru Sasongko, M.P, Dr. Ir. Ali Agus, DAA., DEA; Fak. Psikologi: Drs. Fathul Himam, M.Psi., M.A., Ph.D., Dra. Esti Hayu Purnamaningsih, M.S., Drs. Haryanto, M.Si; Fak. Teknik: Ir. Suryo Hapsoro Tri Utomo, Ph.D., Ir. Djawahir, M.Sc., Ir. Hary Sulistyo, S.U., Ph.D; Fak. Tekn. Pertanian: Dr. Ir. Djagal Wiseso Marseno, M.Agr., Dr. Ir. Adi Djoko Guritno, MSIE dan Dr. Ir.Bambang Purwantana, M.Agr.
Dalam sambutannya, Rektor UGM Prof. Dr. Sofian Effendi mengemukakan, kepada para pejabat yang baru dilantik bahwa tugas kedepan sangat berat dan diharapkan sepenuhnya dedikasi dan pemikiran dalam melaksanakan jabatan baru ini. Pada akhir 2005 masa transisi UGM menuju suatu perguruan tinggi otonom yang berbentuk badan hukum milik negara akan berakhir. Sejak 2001, selama 4 tahun kita telah melakukan penataan-penataan dalam bidang akademik dan keuangan dalam rangkat mempersiapkan diri menjadi PT yang otonom.
“Namun seberat apapun tantangan yang akan dihadapi dalam transformasi menuju universitas penelitian yang bertaraf internasional, saya yakin kita akan mempu mengahdapinya apabila dapat membangun kerjasama yang baik yang dilandasi rasa saling percaya atau trust antara para pimpinan universitas, pimpinan fakultas, staf pendukung, dosen dan mahasiswa,” ungkap rektor.
Lebih jauh Rektor mengatakan bahwa dengan dukungan dan komitmen yang tinggi dari segenap unsur di lingkungan UGM, akan mampu merealisasikan cita-cita menjadikan UGM suatu Universitas Penelitian yang diakui masyarakat perguruan tinggi internasional.