Universitas Gadjah Mada (UGM) sebagai badan publik senantiasa berupaya untuk menyelenggarakan seluruh kegiatan dengan kualitas yang baik, transparan dan akuntabel. Oleh sebab itu, UGM melalukan berbagai audit baik audit akademik maupun non-akademik. Audit dilakukan oleh unit audit internal UGM dan juga auditor independen.
Audit mutu akademik dilakukan secara periodik oleh Kantor Jaminan Mutu (KJM). Penghargaan atas mutu akademik UGM terlihat dari hasil Akreditasi Institusi Perguruan Tinggi (AIPT) tahun 2013 dimana UGM meraih nilai terbaik, yaitu A.
Audit keuangan dilakukan oleh Kantor Audit Internal (KAI) UGM. Selain audit internal, laporan keuangan UGM juga diaudit oleh auditor independen. Sejak tahun 2007 sampai dengan 2013, hasil audit laporan keuangan UGM tidak pernah lepas dari opini Wajar Tanpa Pengecualian (WTP). Opini WTP ini artinya laporan keuangan UGM sudah memenuhi standar yang menjadi acuan pedoman penyusunan laporan keuangan, sesuai dengan aturan dan mengikuti standar yang seharusnya dijalankan.
Selain audit, untuk mewujudkan semangat transparansi dan akuntabilitas, UGM juga menyampaikan informasi publik kepada masyarakat. Informasi disampaikan melalui publikasi dalam bentuk buku, website, dan media sosial.Hal ini sejalan dengan Undang-Undang Nomor 14 Tahun 2008 tentang Keterbukaan Informasi Publik (UU KIP).
Untuk mengemban amanah UU KIP, selain melanjutkan program yang telah dilakukan selama ini, UGM telah menerbitkan Surat Keputusan Rektor Nomor 1145/P/SK/HT/2012 tentang Pengangkatan Pejabat Pengeloloaan Informasi dan Dokumentasi Di Lingkungan Universitas Gadjah Mada. Selanjutnya PPID melakukan uji konsekuensi terhadap informasi yang ada di UGM, menetapkan mekanisme pengajuan informasi publik, dan lain-lain.