Pusat Studi Asia Pasifik berfokus pada riset isu-isu sosial, politik, kebudayaan, ekonomi dan isu-isu lain terkait kawasan Asia Pasifik guna memberikan rekomendasi penting pada para pemangku kepentingan.

Pusat Studi Bencana berfokus untuk melakukan riset kebencanaan untuk menyumbangkan gagasan terkait manajemen bencana guna mendukung berbagai kegiatan pendidikan dan pengabdian masyarakat.

Pusat Studi Bioteknologi berfokus untuk mengembangkan bioteknologi di Indonesia melalui riset, seminar, lokakarya, magang riset, kuliah pendek, dan pengiriman dosen ke berbagai universitas di luar negeri untuk program doktor dan master.

Pusat Studi Ekonomi Kerakyatan berfokus untuk melaksanakan riset terkait perkembangan sistem ekonomi kerakyatan di berbagai wilayah Indonesia. Prioritas riset meliputi otonomi daerah, pemberdayaan desa, dan penghapusan kemiskinan (menurut tipologi: desa pertanian, desa wisata, desa hutan, desa pantai, dll.), pengembangan pasar desa, pengembangan energi terbarukan, pemberdayaan koperasi dan UKM, serta ketenagakerjaan.

Pusat Studi Ekonomi dan Kebijakan Publik berfokus pada riset dasar yang berorientasi pada kebijakan juga riset terapan dalam kebijakan publik, ekonomi, dan pajak.

Pusat Studi Energi berfokus pada kegiatan kajian dan riset energi interdisipliner terkait green energy (berbasis fosil dan energi terbarukan). Pusat studi ini menawarkan solusi komprehensif untuk mengembangkan dan menerapkan kebijakan dan teknologi energi pintar dalam kerangka solusi teknik dan ilmiah, dan bidang sosial, politik, dan ekonomi.

PSKP-UGM mengkhususkan pada tiga bidang keahlian yakni : (a) Keamanan; (b) Resolusi konflik; (c) Pembangunan perdamaian. Dari ketiga bidang keahlian tersebut pusat studi memfokuskan pada beberapa isu area yang menjadi "concern" yaitu : Etnisitas : Multikulturalisme Etnik dan Agama; Perdamaian dan Pemerintahan; Demokratisasi dan Partai Politik; Reformasi Militer dan Polisi; HAM dan Resolusi Konflik; Manajemen Krisis; Konflik Industrial.

Pusat Studi Kebudayaan berfokus pada riset, pendidikan, dan pelatihan, serta konsultasi dan publikasi terkait kebijakan kebudayaan dan pelaksanaan perspektif kebudayaan dalam berbagai wilayah kehidupan.

Pusat Studi Kependudukan dan Kebijakan secara aktif mengembangkan kajian kependudukan dan kebijakan melalui berbagai kegiatan, seperti riset, pendidikan, pelatihan, layanan pendukung, dan advokasi. Dalam sepuluh tahun terakhir, pusat studi ini telah melakukan lebih dari 100 kajian program peningkatan kapasitas dalam beragam tema, seperti kemiskinan, populasi dan demografi, kesehatan dan pendidikan, tata kelola yang baik, desentralisasi dan layanan umum, gender dan kesehatan reproduksi, serta migrasi.

Pusat Studi Lingkungan Hidup berfokus untuk melakukan riset dalam sejumlah kegiatan riset dasar dan terapan di bidang lingkungan hidup (penilaian lingkungan strategis, riset kapasitas daya dukung lingkungan, sistem informasi lingkungan, audit lingkungan, dsb).

Pusat Studi Pancasila berfokus untuk mengembangkan Pancasila melalui pendekatan multidisipliner untuk memecahkan masalah dalam kehidupan masyarakat, bangsa, dan negara melalui riset, pelatihan, advokasi, diskusi dan publikasi.

Pusat Studi Pangan dan Gizi berfokus untuk mempromosikan riset dan pendidikan dalam bidang ilmu pangan dan nutrisi serta pengembangan komunitas.

Pusat Studi Pariwisata mempunyai kompetensi melakukan riset, perencanaan dan disain, pelatihan, monitoring pariwisata sebagai dasar perumusan kebijakan pengembangan pariwisata.

Pusat Studi Pedesaan dan Kawasan berfokus pada pelaksanaan riset dan kajian pedesaan dan kawasan, ketahanan dan kedaulatan pangan, kemiskinan, keadilan, dan evaluasi serta perencanaan program CSR.

Pusat Studi Perdagangan Dunia berfokus untuk melaksanakan penilaian kritis akan berbagai dinamika perdagangan global untuk memberikan masukan dan rekomendasi pada pemerintah, masyarakat, dan pihak-pihak dalam menyiapkan dan mengantisipasi masalah, tantangan, dan kesempatan dalam perdagangan dunia.

Pusat studi ini berfokus pada riset, konsultasi, dan pembangunan kapasitas dalam pembangunan perencanaan regional dan kota.

Pusat studi ini berfokus untuk menghasilkan riset multidisipliner berkualitas tinggi mengenai Asia Tenggara, memberikan informasi dasar untuk rekomendasi kebijakan dan memperkuat kesadaran masyarakat akan kajian Asia Tenggara, membentuk kemitraan yang berkelanjutan dengan pusat studi lainnya yang berfokus pada kajian Asia Tenggara di seluruh dunia.

Pusat Studi Sumber Daya Hayati berfokus untuk meningkatkan advokasi dan bantuan pada komunitas yang mengalami masalah-masalah dalam konservasi, pemanfaatan dan manajemen sumber daya hayati melalui kerjasama interdisipliner yang sinergis, efektif, dan efisien dalam manajemen sumberdaya hayati yang berkelanjutan.

Pusat Studi Sumber Daya dan Teknologi Kelautan berfokus pada pelaksanaan berbagai kegiatan di bidang kelautan dan perikanan, sesuai dengan kompetensi inti dan sumber daya manusia.

Pusat studi ini berfokus untuk mendorong perubahan dengan gagasan inovatif demi kemajuan dan perkembangan sektor transportasi dan logistik guna memecahkan masalah-masalah lokal, nasional, dan internasional.

Pusat studi ini berfokus dalam merespon masalah-masalah gender dan anak, menjunjung hak-hak laki-laki dan perempuan terhadap kesempatan, pengakuan, respek, dan akses pada layanan yang setara dalam masyarakat guna mencapai kesetaraan dan keadilan gender.